Государственный природный заказник федерального значения "Аграханский" имеет профиль биологического (зоологического) и предназначен для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания.
Организован Приказом Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР от 8 апреля 1983 года № 115 без ограничения срока действия. Заказник передан в ведение заповедника Приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 3 ноября 2009 г. № 359. Расположен в Кизлярском, Бабаюртовском и Кировском районах Республики Дагестан. Общая площадь территории заказника составляет 39 000 га.
Аграханский заказник имеет большое значение для сохранения редких и исчезающих видов млекопитающих, в том числе таких, как благородный олень, камышовый кот, кавказская выдра, перевязка и др. Является одним из важнейших на западном побережье Каспия мест гнездования, остановок на пролете и зимовки водоплавающих и околоводных птиц. В заказнике зарегистрировано более 200 видов птиц, в том числе 40 видов птиц, занесенных в Красные книги Дагестана, России и МСОП (кудрявый пеликан, малый баклан, колпица, каравайка, египетская цапля, стерх, журавль-красавка, степная и луговая тиркушки, белоглазый нырок, орлан-белохвост, черноголовый хохотун, большой кроншнеп, белохвостая пигалица и др.). Акватория заказника и восточное побережье Аграханского полуострова входят в состав двух ключевых орнитологических территорий международного значения – КОТР «Аграханский залив – Северный Аграхан» и «Остров Чечень и восточное побережье Аграханского полуострова».
В 2011 году в заказнике проводились исследования по оценке ресурсов и состояния популяций рыб Аграханского залива, миграций и зимовок птиц. Проведена инвентаризация фауны бесчелюстных и рыб заказника, которая насчитывает 63 вида и подвидовых форм. Начаты работы по установке искусственных гнездовий.
Основные нарушения режима охраны заказника связаны с рыбным браконьерством, незаконным нахождением в заказнике с плавсредствами и орудиями лова.
Территорию заказника охраняют 12 штатных сотрудников заповедника, которым помогает также оперативная группа по охране федеральных заказников, состоящая из 7 человек. Служба охраны обеспечена автомобильными и водными транспортными средствами, 2 инспекторскими вагонами, зимней и летней экипировкой, специальными приборами (навигатор GPS, бинокли, фотоаппараты).