В 1989 году был создан Дербентский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник, на территории которого (вместе с охранными зонами она составляет 2044 га) расположены 250 памятников истории и культуры. Это жилые и общественные здания, храмы, археологические объекты, датированные IV-XX веками. Входит в состав музея-заповедника и знаменитый архитектурный комплекс «Цитадель Нарын-кала».

Государственный природный заказник федерального значения «Тляратинский» организован Приказом Главного управления охотничьего хозяйства  и заповедников при Совете Министров РСФСР от 16 декабря 1986 г. № 491 в соответствии с распоряжением Совета Министров Дагестанской АССР от 23 сентября 1986 года № 441-р с целью сохранения, восстановления и воспроизводства ценных в хозяйственном отношении охотничьих животных и среды их обитания в высокогорье Большого Кавказа.

Государственный природный заказник федерального значения «Самурский» организован Приказом Главного управления охотничьего хозяйства  и заповедников при Совете Министров РСФСР от 28 мая 1982 г. № 162 без ограничения срока действия.
Передан в ведение заповедника Приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 3 ноября 2009 г. № 362.

Государственный природный заказник федерального значения "Аграханский" имеет профиль биологического (зоологического) и предназначен для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания.

Участок «Кизлярский залив» расположен в Тарумовском районе, на северо-востоке Дагестана, у устья реки Кума. Территория охватывает морские мелководья и слабонаклоненную к морю террасу западного побережья Каспийского моря. Берега отмелые.

Участок «Сарыкумские барханы» расположен  в Кумторкалинском районе, в 18 км к северо-западу от Махачкалы, у основания северных склонов хребта Нарат-Тюбе, на левом берегу реки Шура-Озень. Наивысшая точка бархана достигает абсолютной высоты 262 метра.

Дагестанский заповедник расположен в 18-20 км к северо-западу от Махачкалы в Дагестане, включает Кизлярский залив (18485 га) на побережье Каспийского моря и Сарыкумский бархан (576 га) на левом берегу реки Шура-Озень. 

Eще в начале 1920-х годов в научных кругах Дагестана и среди многих приезжих исследователей утвердилось мнение о необходимости создания заповедных территорий в низовьях рек Самур, Сулак и Терек, а также на Гунибском плато во внутригорном Дагестане. Тогда в республике были организованы Самурский и Порабочевский заказники. Позже, во второй половине 20 века, в качестве приоритетных для заповедания территорий стали предлагать Аграханский залив, Самурский лес, бархан «Сарыкум» и высокогорья Главного Кавказ-ского хребта в районе горы «Гутон», на границе с Грузией и Азербайджаном.