Еще в начале 1920-х годов в научных кругах Дагестана и среди многих приезжих исследователей утвердилось мнение о необходимости создания заповедных территорий в низовьях рек Самур, Сулак и Терек, а также на Гунибском плато во внутригорном Дагестане. Тогда в республике были организованы Самурский и Порабочевский заказники. Позже, во второй половине 20 века, в качестве приоритетных для заповедания территорий стали предлагать Аграханский залив, Самурский лес, бархан «Сарыкум» и высокогорья Главного Кавказ-ского хребта в районе горы «Гутон», на границе с Грузией и Азербайджаном. Аграханский залив в 1973 году был разделен на две части прорезью через «Уч-Косу» на полуострове для сброса вод Терека прямо в море. Южная часть залива была обвалована, и стала по существу искусственным водоемом, с регулируемым режимом. Северная часть залива в настоящее время является заказником федерального значения. Сложившаяся здесь экологическая обстановка уже не позволяла выделить эту территорию в качестве эталонной, как один из участков Дагестанского заповедника. Именно тогда в качестве альтернативного варианта был предложен Кизлярский залив. Гунибское плато было объявлено памятником природы. Что касается Самурского леса, многолетние споры Главохоты РСФСР и Министерства лесного хозяйства закончились не в пользу сторонников создания заповедника. Здесь, на территории федерального заказника, был организован Самурский природный национальный парк местного значения.

В Генеральную схему организации государственных заповедников на территории РСФСР от 1979 года был включен только планируемый Гутонский заповедник. Но из 35 предложений данного документа к концу 1986 года были реализованы только 13. На основании этой схемы в 1986 году была предложена новая перспективная сеть государственных заповедников на период до 2000 года, куда в числе наиболее приоритетных был включен и Дагестанский заповедник с участками «Сарыкумские барханы» и «Кизлярский залив».

Главное управлению охотхозяйств и заповедников при Совмине РСФСР поручило Центральной проектно-изыскательской экспедиции провести в 1983 году биолого-экономическое обследование ДАССР для изучения возможности создания заповедника. Научным руководителем проекта организации заповедника был назначен ученый секретарь ЦНИЛ Главохоты, к.б.н. Амирханов А.М. Лишь вопрос о Гутонском участке не нашел ободрения на собраниях колхозов Тляратинского и Чародинского районов, где местные жители не согласились даже с вариантом, разрешающим выпас скота в будущем заповеднике. На этой территории был создан позднее республиканский заказник. По итогам изыскательских работ ЦПИЭ и согласований Тарумовский и Буйнакский райисполкомы одобрили создание заповедных участков соответствующими решениями в 1986 году. Заповедник «Дагестанский» официально был организован в январе 1987 года, на двух участках с общей площадью 19 061 га.