Государственный природный заказник федерального значения «Самурский» организован Приказом Главного управления охотничьего хозяйства  и заповедников при Совете Министров РСФСР от 28 мая 1982 г. № 162 без ограничения срока действия.
Передан в ведение заповедника Приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 3 ноября 2009 г. № 362. Заказник имеет профиль биологического (зоологического) и предназначен для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания.
Площадь Заказника 11,2 тыс. га, расположен на территории Магарамкентского (9,3 тыс. га) и Дербентского (1,9 тыс. га) районов. На территории  Заказника расположено 7 населенных пунктов сельского типа, ГУ «Самурский лесопарк», 3 пограничные заставы, Приморский рыбоводный завод, земли нескольких сельхозпредприятий,  ОАО «Консервный завод Тагиркентский». Участки лесного фонда арендуют более 30 арендаторов.
К основным объектам охраны относятся: кабан, косуля, камышовый кот, лесной кот, места остановок и зимовок водоплавающих и околоводных птиц, средиземноморская черепаха и другие виды редких и исчезающих животных, а также уникальный природный комплекс дельтовых лиановых лесов.
Территория заказника состоит из массива пойменных широколиственных лиановых лесов дельты Самура, рассеченного многочисленными рукавами реки и родниковыми речками, а также прибрежных озер, лагун, пляжей и 500-метровой мелководной полосы акватории Каспийского моря. Самурские леса представляют собой сложный комплекс тополевников, ольшаников, дубрав и грабовых лесов, ранее сплошным массивом покрывавших практически всю дельту реки. В настоящее время довольно большие участки леса заняты искусственными насаждениями (грецкий орех, ложноакация, гледичия, яблоня, гранат, хвойные пород и.т.д.). В устьях рукавов Самура и родниковых рек образовались небольшие заболоченные участки, мелководные озера и приморские лагуны, обильно зарастающие надводной растительностью. На открытых участках преобладают полынно-злаковые полупустынные комплексы и псаммофильная растительность приморских песков.
Флора Самурского заказника насчитывает более 1000 видов, среди которых много эндемичных и реликтовых форм, а также редких и исчезающих видов, занесенных в Красные книги России и Дагестана (красавка белладонна, лапина крылоплодная, плющ Пастухова, ятрышник болотный, офрисы кавказский, оводоносный, красный и др.).
В дельте реки Самур отмечено более 300 видов птиц, из которых более 130 видов – гнездящиеся и предположительно гнездящиеся. Здесь зарегистрировано 51 редких и исчезающих видов, занесенных в Красные книги Дагестана, России и МСОП (черный аист, фламинго, кудрявый пеликан, орлан-белохвост, малый подорлик, савка, белоглазый нырок, шилоклювка, луговая тиркушка, султанская курица и др.). Как место массового пролета и зимовок птиц устье реки Самур объявлено ключевой орнитологической территорией международного значения.
В заказнике проводятся совместные научные исследования сотрудниками заповедника и учеными из других организаций. Основные экологические проблемы заказника – нарушение гидрологического режима реки Самур, перевыпас скота в лесу, рубки леса, рекреационное и хозяйственное освоение территории, засорение территории бытовыми отходами и браконьерство. Территорию заказника охраняют 4 штатных сотрудника заповедника при поддержке оперативной группы по охране федеральных заказников.