Государственный природный заказник федерального значения «Тляратинский» организован Приказом Главного управления охотничьего хозяйства  и заповедников при Совете Министров РСФСР от 16 декабря 1986 г. № 491 в соответствии с распоряжением Совета Министров Дагестанской АССР от 23 сентября 1986 года № 441-р с целью сохранения, восстановления и воспроизводства ценных в хозяйственном отношении охотничьих животных и среды их обитания в высокогорье Большого Кавказа.
Передан в ведение заповедника Приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 3 ноября 2009 г. N 360.
Заказник расположен в Тляратинском районе, в верховьях реки Аварское Койсу (бассейн р. Джурмут) и охватывает северные склоны Главного Кавказского хребта и юго-западные отроги Бокового хребта. На юге граничит с Лагодехским заповедником Грузии и Закатальским заповедником Азербайджана. Площадь заказника – 83 500 га. Охраняемая территория расположена в пределах абсолютных высот от 1500 до 3932 м.
Здесь представлены нивальный пояс гор с ледниками и снежниками, альпийские и субальпийские луга, березовые криволесья, хвойные, смешанные и лиственные горные леса, послелесные луга и кустарниковые заросли, каменистые склоны с ксерофильной растительностью, небольшие выходы скал и обрывов речных долин. Окультуренные ландшафты (населенные пункты и поля) занимают небольшие площади. Большая часть заказника расположена выше лесного пояса и охватывает типичные ландшафты высокогорий Восточного Кавказа. Вдоль юго-западных окраин заказника (на границе с Грузией) простирается цепь красивейших высокогорных озер («Плато засыпающих озер»).
В настоящее время имеет профиль биологического (зоологического) и предназначен для сохранения и восстановления ценных в хозяйственном отношении, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира и среды их обитания. К основным объектам охраны относятся: кавказский благородный олень, дагестанский тур, безоаровый козел, кавказский бурый медведь, серна, рысь, переднеазиатский леопард, каменная куница, другие пушные виды, кавказский улар, кавказский тетерев, многие виды хищных птиц, занесенные в Красную книгу России. По предварительным оценкам всего на территории Тляратинского заказника произрастает более 600 видов высших растений, в том числе 17 видов, занесенных в Красные книги России и Дагестана.
Здесь встречается более 160 видов позвоночных животных, из которых 20 видов занесены в Красные книги МСОП, России и Дагестана (безоаровый козел, переднеазиатский леопард, беркут, белоголовый сип, кавказский тетерев, сапсан и др.). Объявлен ключевой орнитологической территорией как место гнездования эндемичных кавказских, а также стенотопных видов птиц, характерных для высокогорного биома (кавказский тетерев, кавказский улар, альпийская завирушка, краснобрюхая горихвостка, стенолаз, альпийская галка, снежный воробей, большая чечевица, кавказская пеночка).
Межевание земель заказника не проводилось, земельное дело отсутствует. На территории заказника расположено более двадцати населенных пунктов пяти сельских администраций и несколько сельхозпредприятий Тляратинского района. Имеются также выделенные пастбища для хозяйств Гунибского и Чародинского районов. Лесопользование осуществляет через ГУП «Тляраталес».
Основные нарушения природоохранного законодательства в заказнике связаны с браконьерским отстрелом копытных, рубкой леса, нерегулируемым выпасом скота и загрязнением рек бытовыми отходами.
Территорию заказника  охраняют восемь штатных сотрудников заповедника, при поддержке оперативной группы по охране федеральных заказников.